Un equip de recerca de l’Institut de Biologia Integrativa de Sistemes (I2SysBio, centre mixt del Consell Superior d’Investigacions Científiques i l’Universitat de València) i altres centres espanyols ha creat un programari que permet analitzar l’evolució del SARS-CoV-2 dins de pacients que pateixen infeccions cròniques per aquest virus, que poden durar molts mesos. L’eina, VIPERA (Viral Intra-Patient Evolution Reporting and Analysis), s’ha descrit en la revista Virus Evolution i avalua l’evolució de les mostres seriades durant la infecció a través de l’informe que genera automàticament.
Es tracta d’una eina intuïtiva i escalable que facilita l’accés a les anàlisis evolutives més avançades: permet a qualsevol professional rastrejar les diferents poblacions del virus dins d’un mateix pacient i estudiar-ne els canvis adaptatius associats amb la transmissibilitat, la patogenicitat o l’administració de tractaments. En el projecte també han participat el Departament de Microbiologia Clínica de l’Hospital Clínic de Barcelona, el CIBER de Malalties Infeccioses (CIBERINFEC), l’Institut de Biomedicina de València (IBV-CSIC) i el CIBER d’Epidemiologia i Salut Pública (CIBERESP).
“Després de validar el programari amb conjunts de dades conegudes, ho hem aplicat amb èxit a un nou cas, i hem aconseguit revelar interessants dinàmiques poblacionals i evidències devolució adaptativa. En el futur, volem aplicar VIPERA a l’estudi d’altres organismes que afecten sostingudament un mateix pacient, com el VIH o bacteris com Mycobacterium tuberculosis”, explica Mireia Coscollá, investigadora de l’I2SysBio.
La importància d’aquest treball és que analitza les infeccions cròniques, més patogèniques o transmissibles, com a font potencial de noves variants del SARS-CoV-2 preocupants. “Amb l’informe generat, es pot analitzar com evoluciona el virus al llarg de la infecció”, explica Miguel Álvarez Herrera, investigador de l’I2SysBio i primer signant de l’article.
Fins ara no existia una eina que integrés i estandarditzés l’anàlisi de l’evolució intrapacient de SARS-CoV-2. L’ús de VIPERA és senzill i genera un informe fàcilment interpretable. A més, és de codi obert i escalable. “Aplicant aquesta eina hem analitzat en profunditat una infecció crònica, revelant l’aparició de mutacions associades amb fuita immune i variants de preocupació”, destaca Jordi Sevilla, coprimer signant de l’article.
Aquest treball és part del projecte CNS2022-135116, que ha estat finançat per la Unió Europea NextGenerationEU/PRTR, el Ministeri de Ciència i Innovació, la Generalitat Valenciana, el Consell Europeu de Recerca, el Ministeri d’Indústria i Competitivitat, i pels Fons FEDER. El treball computacional es va fer a Garnatxa, el clúster de computació d’alt rendiment (HPC) de l’Institut de Biologia Integrativa de Sistemes (I2SysBio).
Referència:
Miguel Álvarez-Herrera, Jordi Sevilla, Paula Ruiz-Rodriguez, Andrea Vergara, Jordi Vila, Pablo Cano-Jiménez, Fernando González-Candelas, Iñaki Comas, Mireia Coscollá, VIPERA: Viral Intra-Patient Evolution Reporting and Analysis, Virus Evolution, Volume 10, Issue 1, 2024, veae018. DOI: https://doi.org/10.1093/ve/veae018
Mireia Coscollá, Miguel Álvarez Herrera i Jordi Sevilla.